Son yıllarda yapılan çok sayıda araştırma, tümörlerin oldukça zengin bir bakteri, mantar ve virüs çeşitliliği barındırdığını ortaya çıkardı. Bu şaşırtıcı bulgular birçok bilim insanının kanserin doğasını yeniden düşünmesine neden oldu.
Tıbbi olanaklar heyecan vericiydi: Eğer tümörler karakteristik mikroplarını kan dolaşımına salarlarsa, bunlar hastalığın erken belirteçleri olarak hizmet edebilir mi? Veya antibiyotikler tümörleri küçültebilir mi?
2019 yılında bir start-up, bu bulguları kansere yönelik mikrop bazlı testler geliştirmek için kullandı. Bu yıl düzenleyiciler, şirketin hayat kurtarma vaatlerine ilişkin testinin yaklaşan testine öncelik vermeyi kabul etti.
Ancak şimdi birkaç araştırma ekibi, bu alandaki en önemli üç çalışmaya karşı çıktı ve sonuçları yeniden üretemediklerini bildirdi. Eleştirmenler, iddia edilen tümör mikroplarının büyük olasılıkla serap veya kontaminasyonun sonucu olduğunu söylüyor.
Johns Hopkins Üniversitesi’nde DNA dizisi analizi uzmanı olan ve son incelemelerden birini yayınlayan Steven Salzberg, “Orada olmayan şeyleri buldular” dedi.
Makalenin yazarları verilerini savundular ve benzer sonuçlara varan daha yeni çalışmalara atıfta bulundular. Ortaya çıkan tartışma, tümör mikroplarının anlaşılmasından kaynaklanabilecek potansiyel olarak güçlü uygulamalar ile bunların gerçek doğasını çözme zorluğu arasındaki gerilimi ortaya koyuyor. Bağımsız uzmanlar, mevcut tartışmanın, büyümeye çabalayan genç ama gelecek vaat eden bir alanın örneği olduğunu söyledi.
Biyologlar onlarca yıldır en azından bazı mikropların kansere yol açtığını biliyorlar. Bunun en çarpıcı örneği HPV adı verilen ve hücrelere bulaşarak rahim ağzı kanserine neden olan bir virüstür. Ve bazı bakteri türleri bağırsak ve mide gibi organlarda başka kanser türlerine neden olur.
Onlarca yıldır bu bağlantıların ortaya çıkması yavaştı çünkü bilim insanları bugün mevcut teknolojinin çoğundan yoksundu. Araştırmacılar, tümörlerden DNA parçalarının nasıl çıkarılacağını öğrendiğinde araştırma dramatik bir şekilde hızlandı. Daha sonra genetik materyalin insan hücrelerinden mi yoksa başka bir türden mi geldiğini belirlemek için bilgisayarları kullandılar.
2019 yılında New York Üniversitesi Tıp Fakültesi’nden bir bilim insanı ekibi, Nature dergisinde yayınladıkları pankreas kanseri araştırmasında bu teknikleri kullandı. Pek çok tümörde, birçok farklı mantar türünden DNA parçaları buldular. Daha ileri araştırmalar, mantarların tümörlerin büyümesine neden olduğu sonucuna varmıştır.
Bu dikkat çekici sonuçlar Dr. Duke Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde cerrah olan Peter Allen, kendi hastalarının pankreas tümörlerinde mikrop aramaya başladı.
Ancak 140 tümörü araştırdıktan sonra Dr. Allen ve meslektaşları, mantarlar da dahil olmak üzere mikroplardan kayda değer miktarda DNA bulamadılar. “Gerçek bir imza bulamadık” dedi.
Daha sonra genetik verileri halka açık bir veri tabanına yüklenen orijinal çalışmayı incelediler. Bu verilerde de Dr. Allen’ın ekibi kayda değer miktarda mantar DNA’sı bulamadı. Bulgularını 2 Ağustos’ta Nature’da yayınladılar.
New York Üniversitesi araştırmacıları çalışmalarını savundu. Orijinal çalışmanın yazarlarından Deepak Saxena, “Grubum hala bulduklarımızın arkasında duruyor” dedi. Bulgularıyla tutarlı olan diğer verilere dikkat çekti.
Örneğin Ağustos ayında Tokyo Tıp ve Diş Üniversitesi’ndeki araştırmacılar, 180 hastanın 78’inde pankreas tümörlerinde mantar bulduklarını bildirdi. Çalışma, mantar içeren tümörleri olan hastaların ameliyattan sonraki üç yıl içinde ölme riskinin daha yüksek olduğunu buldu.
Diğer araştırmacılar İsrail’deki Weizmann Bilim Enstitüsü’ndeki bir ekibin Science dergisindeki 2020 raporunu sorguluyor. Yedi kanser türünden 1.500 tümörün incelendiği çalışma, her tümör tipinin kendine özgü bakteri grubuna sahip olduğunu ve meme kanserinin özellikle zengin bir çeşitliliğe sahip olduğunu buldu.
Ancak Hollanda’daki Leiden Üniversitesi’nden mikrobiyolog Jacques Neefjes ve meslektaşları, Weizmann ekibinin kendi 129 meme kanseri örneğinden oluşan koleksiyonundaki bazı yöntemlerini kullanarak kanser hücrelerinde bakteri tespit edemediler. “Tek bir vakaya bile rastlamadık” dedi.
Ocak ayında Dr. Neefjes’in grubu, Science’ın İsrail gazetesine eklediği bulgularının bir özetini yayınladı. Weizmann ekibinin bulduğu bakterilerin enfeksiyonların yan ürünleri olduğunu ve aslında meme kanseri tümörlerinin normal bir parçası olmadığını savundular.
Weizmann araştırmasının lideri Ravid Straussman, grubunun daha ileri araştırmalar yaptığını ve “sonuçların kanser hücrelerinde bakteri varlığını açıkça doğruladığını” söyledi. Ayrıca Dr.’nin iddialarını doğrulamanın imkansız olduğunu da söyledi. Kendi deneyleri hakkında çok az ayrıntı verdikleri için Neefjes’i değerlendirin.
2020’de Nature’da yayınlanan üçüncü bir çalışmada, San Diego’daki California Üniversitesi’ndeki araştırmacılar, kanser genom atlası adı verilen tümör DNA’sının eyalet veri tabanını analiz etti ve 18.000 tümörden mikrobiyal DNA dizilerini tanımlayacak bir bilgisayar eğitti. Bilgisayar, karakteristik mikrop kombinasyonlarına göre 33 farklı kanser türünü tanımayı öğrendi.
East Anglia Üniversitesi’nde doktora sonrası araştırmacı olan Abraham Gihawi, “Bu, kavramın inanılmaz bir kanıtı gibi görünüyordu” dedi.
Ama Dr. Gihawi ve meslektaşları, belirli kanser türlerini teşvik ettiği düşünülen mikropları yakından incelediklerinde fikirlerini değiştirdiler. Tamamen yersiz görünüyorlardı. Adrenal bezdeki tümörlerin, daha önce yalnızca Meksika Körfezi’ndeki karidesleri enfekte ettiği bilinen bir virüsü barındırdığı ortaya çıktı. Sadece alglerde çoğaldığı bilinen bakterilerin mesane kanserini tercih ettiği görülüyor.
“Bu bir şeylerin yanlış olduğuna dair kesin bir işaret” diye yazdı Dr. Gihawi ve meslektaşları, Mikrobiyal Genomik dergisinde 9 Ağustos’ta yayınlanan bir mektupta. Alg bakterilerinin ve diğer yer dışı türlerin “saçma” olduğunu düşünüyorlardı.
Daha sonraki bir çalışmada Dr. Salzberg’de araştırmacılar verileri kendileri için tekrar analiz ettiler. “Makalenin yanlış olduğunu gösterdik” dedi Dr. tuz dağı. İkinci analizin mBio dergisi tarafından kabul edildiğini söyledi.
doktor Salzberg ve meslektaşları, görünüşte açıklanamaz sonuçların birkaç olası nedenine dikkat çekti. Örneğin, tümörlerden mikrobiyal DNA’yı tanımlamak için öncelikle mümkün olduğu kadar çok insan dizisinin çıkarılması gerekir. Eleştirmenler, San Diego ekibinin bazı insani sahneler bıraktığını söylüyor.
Eleştirmenler ayrıca, bilim adamlarının eşleşme aramak için tümör dizilerini mikrobiyal DNA ile karşılaştırdıklarında, bu verilerin bir kısmının insan DNA’sı ile kontamine olması nedeniyle hatalar meydana gelebileceğini savunuyor. Bu sayede insandaki kanser hücresinin DNA’sı, bir alg mikrobunun DNA’sına benzeyebilecek.
Rob Knight liderliğindeki San Diego ekibi bu eleştirilere kapsamlı yanıt verdi. doktor Knight, kendisinin ve meslektaşlarının 2020 yılındaki çalışmaları için mümkün olan en iyi kaynakları kullandıklarını ve ardından Dr. Straussman’ın grubu Cell dergisinde yayınlandı.
Bu çalışmada, analizlerinden daha fazla insan DNA’sını çıkarmak için yeni teknikler kullandılar. Farklı kanser türlerini tahmin etmek için yalnızca çok sıkı testlere tabi tutulan DNA’lı bakterileri dikkate aldılar. “Hala tümör tipine özgü imzalar alıyorsunuz” dedi Dr. Şövalye.
2019 yılında Dr. Knight, mikrobiyal keşiflerine dayanarak kanser testleri geliştirmek için Micronoma adlı bir şirketin kurucu ortağı oldu. (Dr. Straussman Bilimsel Danışma Kurulu’nda görev yapmaktadır.) Şirket bugüne kadar özel yatırımcılardan 17,5 milyon dolar topladı.
Ocak ayında Micronoma, bir akciğer kanseri testi için Gıda ve İlaç İdaresi’nden Çığır Açan Cihaz unvanını aldı ve bu, klinik bir deneye dönüşmesini hızlandıracak. Micronoma’nın CEO’su Sandrine Miller-Montgomery, duruşmanın 2024’te başlayacağını söyledi.
“Bu eleştiri şirketimizin planlarında bir değişikliğe yol açmadı” dedi Dr. Miller-Montgomery.
doktor Köln Üniversitesi’nden doktor ve bilim adamı Sven Borchmann, sonuçların gerçekte ne anlama geldiğini öğrenmek için daha fazla deney yapmak yerine, San Diego ekibinin sonuçlarını tıbbi bir teste dönüştürmede çok hızlı olup olmadığını sorguladı. “Anlamak yerine uygulamaya çok çabuk odaklandıklarını düşünüyorum” dedi.
Bununla birlikte, Dr. Borchmann, Dr. Son zamanlardaki zorluklara rağmen Knight’ın ekibi, incelemeye dayanabilecek bir dizi tür bulmuştu. “Bu iddianın tamamını ortadan kaldırmaz” dedi.
Ohio Eyalet Üniversitesi’nden hesaplamalı biyolog Qin Ma, üç makaleye yönelik yeni eleştirilerin yıllar içinde biriken kanıtların genel ağırlığını değiştirmediğini kabul etti. “Herkes mikropların tümörlerde var olduğu ve bunların önemli olduğu konusunda hemfikirdir” dedi.
Ama Dr. Ma ve diğerleri, endüstrinin hâlâ son derece doğru sonuçlar sağlayacak standart bir araç seti aradığını itiraf etti. Mevcut tartışmanın alanı bu hedefe doğru yönlendirdiğini söylediler.
“Anlaşmazlığın her iki tarafı da yenilik yapmaya ve bilimi daha da ileri götürmeye sevk etmesi beni şaşırtmaz” dedi Dr. Johns Hopkins Üniversitesi Tıp Fakültesi’nden mikrobiyolog Arturo Casadevall, hiçbir çalışmaya katılmadı. “Bu bilimsel sürecin tarihidir.”
Tıbbi olanaklar heyecan vericiydi: Eğer tümörler karakteristik mikroplarını kan dolaşımına salarlarsa, bunlar hastalığın erken belirteçleri olarak hizmet edebilir mi? Veya antibiyotikler tümörleri küçültebilir mi?
2019 yılında bir start-up, bu bulguları kansere yönelik mikrop bazlı testler geliştirmek için kullandı. Bu yıl düzenleyiciler, şirketin hayat kurtarma vaatlerine ilişkin testinin yaklaşan testine öncelik vermeyi kabul etti.
Ancak şimdi birkaç araştırma ekibi, bu alandaki en önemli üç çalışmaya karşı çıktı ve sonuçları yeniden üretemediklerini bildirdi. Eleştirmenler, iddia edilen tümör mikroplarının büyük olasılıkla serap veya kontaminasyonun sonucu olduğunu söylüyor.
Johns Hopkins Üniversitesi’nde DNA dizisi analizi uzmanı olan ve son incelemelerden birini yayınlayan Steven Salzberg, “Orada olmayan şeyleri buldular” dedi.
Makalenin yazarları verilerini savundular ve benzer sonuçlara varan daha yeni çalışmalara atıfta bulundular. Ortaya çıkan tartışma, tümör mikroplarının anlaşılmasından kaynaklanabilecek potansiyel olarak güçlü uygulamalar ile bunların gerçek doğasını çözme zorluğu arasındaki gerilimi ortaya koyuyor. Bağımsız uzmanlar, mevcut tartışmanın, büyümeye çabalayan genç ama gelecek vaat eden bir alanın örneği olduğunu söyledi.
Biyologlar onlarca yıldır en azından bazı mikropların kansere yol açtığını biliyorlar. Bunun en çarpıcı örneği HPV adı verilen ve hücrelere bulaşarak rahim ağzı kanserine neden olan bir virüstür. Ve bazı bakteri türleri bağırsak ve mide gibi organlarda başka kanser türlerine neden olur.
Onlarca yıldır bu bağlantıların ortaya çıkması yavaştı çünkü bilim insanları bugün mevcut teknolojinin çoğundan yoksundu. Araştırmacılar, tümörlerden DNA parçalarının nasıl çıkarılacağını öğrendiğinde araştırma dramatik bir şekilde hızlandı. Daha sonra genetik materyalin insan hücrelerinden mi yoksa başka bir türden mi geldiğini belirlemek için bilgisayarları kullandılar.
2019 yılında New York Üniversitesi Tıp Fakültesi’nden bir bilim insanı ekibi, Nature dergisinde yayınladıkları pankreas kanseri araştırmasında bu teknikleri kullandı. Pek çok tümörde, birçok farklı mantar türünden DNA parçaları buldular. Daha ileri araştırmalar, mantarların tümörlerin büyümesine neden olduğu sonucuna varmıştır.
Bu dikkat çekici sonuçlar Dr. Duke Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde cerrah olan Peter Allen, kendi hastalarının pankreas tümörlerinde mikrop aramaya başladı.
Ancak 140 tümörü araştırdıktan sonra Dr. Allen ve meslektaşları, mantarlar da dahil olmak üzere mikroplardan kayda değer miktarda DNA bulamadılar. “Gerçek bir imza bulamadık” dedi.
Daha sonra genetik verileri halka açık bir veri tabanına yüklenen orijinal çalışmayı incelediler. Bu verilerde de Dr. Allen’ın ekibi kayda değer miktarda mantar DNA’sı bulamadı. Bulgularını 2 Ağustos’ta Nature’da yayınladılar.
New York Üniversitesi araştırmacıları çalışmalarını savundu. Orijinal çalışmanın yazarlarından Deepak Saxena, “Grubum hala bulduklarımızın arkasında duruyor” dedi. Bulgularıyla tutarlı olan diğer verilere dikkat çekti.
Örneğin Ağustos ayında Tokyo Tıp ve Diş Üniversitesi’ndeki araştırmacılar, 180 hastanın 78’inde pankreas tümörlerinde mantar bulduklarını bildirdi. Çalışma, mantar içeren tümörleri olan hastaların ameliyattan sonraki üç yıl içinde ölme riskinin daha yüksek olduğunu buldu.
Diğer araştırmacılar İsrail’deki Weizmann Bilim Enstitüsü’ndeki bir ekibin Science dergisindeki 2020 raporunu sorguluyor. Yedi kanser türünden 1.500 tümörün incelendiği çalışma, her tümör tipinin kendine özgü bakteri grubuna sahip olduğunu ve meme kanserinin özellikle zengin bir çeşitliliğe sahip olduğunu buldu.
Ancak Hollanda’daki Leiden Üniversitesi’nden mikrobiyolog Jacques Neefjes ve meslektaşları, Weizmann ekibinin kendi 129 meme kanseri örneğinden oluşan koleksiyonundaki bazı yöntemlerini kullanarak kanser hücrelerinde bakteri tespit edemediler. “Tek bir vakaya bile rastlamadık” dedi.
Ocak ayında Dr. Neefjes’in grubu, Science’ın İsrail gazetesine eklediği bulgularının bir özetini yayınladı. Weizmann ekibinin bulduğu bakterilerin enfeksiyonların yan ürünleri olduğunu ve aslında meme kanseri tümörlerinin normal bir parçası olmadığını savundular.
Weizmann araştırmasının lideri Ravid Straussman, grubunun daha ileri araştırmalar yaptığını ve “sonuçların kanser hücrelerinde bakteri varlığını açıkça doğruladığını” söyledi. Ayrıca Dr.’nin iddialarını doğrulamanın imkansız olduğunu da söyledi. Kendi deneyleri hakkında çok az ayrıntı verdikleri için Neefjes’i değerlendirin.
2020’de Nature’da yayınlanan üçüncü bir çalışmada, San Diego’daki California Üniversitesi’ndeki araştırmacılar, kanser genom atlası adı verilen tümör DNA’sının eyalet veri tabanını analiz etti ve 18.000 tümörden mikrobiyal DNA dizilerini tanımlayacak bir bilgisayar eğitti. Bilgisayar, karakteristik mikrop kombinasyonlarına göre 33 farklı kanser türünü tanımayı öğrendi.
East Anglia Üniversitesi’nde doktora sonrası araştırmacı olan Abraham Gihawi, “Bu, kavramın inanılmaz bir kanıtı gibi görünüyordu” dedi.
Ama Dr. Gihawi ve meslektaşları, belirli kanser türlerini teşvik ettiği düşünülen mikropları yakından incelediklerinde fikirlerini değiştirdiler. Tamamen yersiz görünüyorlardı. Adrenal bezdeki tümörlerin, daha önce yalnızca Meksika Körfezi’ndeki karidesleri enfekte ettiği bilinen bir virüsü barındırdığı ortaya çıktı. Sadece alglerde çoğaldığı bilinen bakterilerin mesane kanserini tercih ettiği görülüyor.
“Bu bir şeylerin yanlış olduğuna dair kesin bir işaret” diye yazdı Dr. Gihawi ve meslektaşları, Mikrobiyal Genomik dergisinde 9 Ağustos’ta yayınlanan bir mektupta. Alg bakterilerinin ve diğer yer dışı türlerin “saçma” olduğunu düşünüyorlardı.
Daha sonraki bir çalışmada Dr. Salzberg’de araştırmacılar verileri kendileri için tekrar analiz ettiler. “Makalenin yanlış olduğunu gösterdik” dedi Dr. tuz dağı. İkinci analizin mBio dergisi tarafından kabul edildiğini söyledi.
doktor Salzberg ve meslektaşları, görünüşte açıklanamaz sonuçların birkaç olası nedenine dikkat çekti. Örneğin, tümörlerden mikrobiyal DNA’yı tanımlamak için öncelikle mümkün olduğu kadar çok insan dizisinin çıkarılması gerekir. Eleştirmenler, San Diego ekibinin bazı insani sahneler bıraktığını söylüyor.
Eleştirmenler ayrıca, bilim adamlarının eşleşme aramak için tümör dizilerini mikrobiyal DNA ile karşılaştırdıklarında, bu verilerin bir kısmının insan DNA’sı ile kontamine olması nedeniyle hatalar meydana gelebileceğini savunuyor. Bu sayede insandaki kanser hücresinin DNA’sı, bir alg mikrobunun DNA’sına benzeyebilecek.
Rob Knight liderliğindeki San Diego ekibi bu eleştirilere kapsamlı yanıt verdi. doktor Knight, kendisinin ve meslektaşlarının 2020 yılındaki çalışmaları için mümkün olan en iyi kaynakları kullandıklarını ve ardından Dr. Straussman’ın grubu Cell dergisinde yayınlandı.
Bu çalışmada, analizlerinden daha fazla insan DNA’sını çıkarmak için yeni teknikler kullandılar. Farklı kanser türlerini tahmin etmek için yalnızca çok sıkı testlere tabi tutulan DNA’lı bakterileri dikkate aldılar. “Hala tümör tipine özgü imzalar alıyorsunuz” dedi Dr. Şövalye.
2019 yılında Dr. Knight, mikrobiyal keşiflerine dayanarak kanser testleri geliştirmek için Micronoma adlı bir şirketin kurucu ortağı oldu. (Dr. Straussman Bilimsel Danışma Kurulu’nda görev yapmaktadır.) Şirket bugüne kadar özel yatırımcılardan 17,5 milyon dolar topladı.
Ocak ayında Micronoma, bir akciğer kanseri testi için Gıda ve İlaç İdaresi’nden Çığır Açan Cihaz unvanını aldı ve bu, klinik bir deneye dönüşmesini hızlandıracak. Micronoma’nın CEO’su Sandrine Miller-Montgomery, duruşmanın 2024’te başlayacağını söyledi.
“Bu eleştiri şirketimizin planlarında bir değişikliğe yol açmadı” dedi Dr. Miller-Montgomery.
doktor Köln Üniversitesi’nden doktor ve bilim adamı Sven Borchmann, sonuçların gerçekte ne anlama geldiğini öğrenmek için daha fazla deney yapmak yerine, San Diego ekibinin sonuçlarını tıbbi bir teste dönüştürmede çok hızlı olup olmadığını sorguladı. “Anlamak yerine uygulamaya çok çabuk odaklandıklarını düşünüyorum” dedi.
Bununla birlikte, Dr. Borchmann, Dr. Son zamanlardaki zorluklara rağmen Knight’ın ekibi, incelemeye dayanabilecek bir dizi tür bulmuştu. “Bu iddianın tamamını ortadan kaldırmaz” dedi.
Ohio Eyalet Üniversitesi’nden hesaplamalı biyolog Qin Ma, üç makaleye yönelik yeni eleştirilerin yıllar içinde biriken kanıtların genel ağırlığını değiştirmediğini kabul etti. “Herkes mikropların tümörlerde var olduğu ve bunların önemli olduğu konusunda hemfikirdir” dedi.
Ama Dr. Ma ve diğerleri, endüstrinin hâlâ son derece doğru sonuçlar sağlayacak standart bir araç seti aradığını itiraf etti. Mevcut tartışmanın alanı bu hedefe doğru yönlendirdiğini söylediler.
“Anlaşmazlığın her iki tarafı da yenilik yapmaya ve bilimi daha da ileri götürmeye sevk etmesi beni şaşırtmaz” dedi Dr. Johns Hopkins Üniversitesi Tıp Fakültesi’nden mikrobiyolog Arturo Casadevall, hiçbir çalışmaya katılmadı. “Bu bilimsel sürecin tarihidir.”